Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC093330.1-206ENST00000582546 812 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC092638.2-201ENST00000441105 947 ntBASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 NAT9-220ENST00000582870 896 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 RELL1-201ENST00000314117 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 LCE3B-201ENST00000335633 288 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC005486.1-201ENST00000466775 216 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC007298.2-201ENST00000551849 862 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL645608.7-201ENST00000607769 351 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 OSCP1-204ENST00000433045 1381 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 LAIR2-201ENST00000301202 699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 UQCC2-201ENST00000374214 432 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 PRAME-206ENST00000406503 740 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 RBPMSLP-201ENST00000433427 502 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC097381.2-201ENST00000510640 859 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ASNSD1-206ENST00000607062 968 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 IGHV3-43-201ENST00000434710 434 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL157788.1-201ENST00000437838 229 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 HFE-209ENST00000461397 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 IGHV3OR15-7-201ENST00000558565 359 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 LINC02176-201ENST00000569104 598 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 APOC4-202ENST00000592954 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC110057.1-201ENST00000636031 898 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 FRMD4A-204ENST00000475141 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 FOXO4-201ENST00000341558 1353 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 HCG9-201ENST00000376800 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 PYM1-203ENST00000408946 1226 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL354861.1-201ENST00000445213 355 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 PGAM1P12-201ENST00000505622 748 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC106047.2-201ENST00000511723 743 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 HERPUD1-202ENST00000344114 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CCDC169-SOHLH2-201ENST00000511166 2051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.8 ms