Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXC11O43248 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms