Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SPOCK3-210ENST00000506886 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SEC16A-202ENST00000290037 8982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 IL17RD-208ENST00000640796 2345 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ITSN1-210ENST00000399353 3913 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 AC009133.1-201ENST00000569981 2449 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28BQ9BUN5 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 TGIF2-202ENST00000373874 3432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 RBPMS-201ENST00000287771 2974 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms