Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms