Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms