Protein–RNA interactions for Protein: Q5XG99

LYSMD4, LysM and putative peptidoglycan-binding domain-containing protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 296 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LYSMD4Q5XG99 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 VAMP1-203ENST00000400911 1068 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 LAMA5-AS1-203ENST00000478167 690 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LYSMD4Q5XG99 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 IKZF1-217ENST00000612658 962 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LYSMD4Q5XG99 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms