Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.55■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC31.54■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC31.53■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
CCDC9Q9Y3X0 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC31.45■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CCDC9Q9Y3X0 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC31.4■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CCDC9Q9Y3X0 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC31.4■■■□□ 2.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.9 ms