Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMCH1Q9UPQ0 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC27.54■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.4 ms