Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC42Q96M95 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC42Q96M95 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC42Q96M95 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC42Q96M95 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC42Q96M95 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC42Q96M95 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC42Q96M95 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC42Q96M95 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC42Q96M95 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC42Q96M95 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC42Q96M95 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC42Q96M95 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC42Q96M95 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC42Q96M95 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC42Q96M95 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 759.7 ms