Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.778e-9■■■■■ 44.9
SF3A3Q12874 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.758e-9■■■■■ 44.9
SF3A3Q12874 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.088e-9■■■■■ 44.9
SF3A3Q12874 TNPO2-218ENST00000592287 2914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.068e-9■■■■■ 44.9
SF3A3Q12874 TNPO2-210ENST00000588216 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.378e-9■■■■■ 44.9
SF3A3Q12874 ABCC3-214ENST00000513745 898 ntTSL 514.04□□□□□ -0.166e-7■■■■■ 44.9
SF3A3Q12874 GAK-206ENST00000504947 555 ntTSL 213.26□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 44.9
SF3A3Q12874 ABCA7-206ENST00000525073 1918 ntTSL 221.44■■□□□ 1.021e-6■■■■■ 44.7
SF3A3Q12874 PLEKHH1-201ENST00000329153 6604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.243e-6■■■■■ 44.7
SF3A3Q12874 PLEKHH1-206ENST00000558386 3383 ntTSL 211.26□□□□□ -0.613e-6■■■■■ 44.7
SF3A3Q12874 GSAP-202ENST00000334003 2277 ntTSL 27.69□□□□□ -1.182e-6■■■■■ 44.7
SF3A3Q12874 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.458e-7■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.258e-7■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.228e-7■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 CHTF18-208ENST00000471202 4494 ntTSL 215.96■□□□□ 0.158e-7■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 CHTF18-207ENST00000464728 4088 ntTSL 215.37■□□□□ 0.058e-7■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 CHTF18-201ENST00000262315 3090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.118e-7■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 RBM6-214ENST00000464013 397 ntTSL 54.97□□□□□ -1.612e-11■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.593e-6■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.353e-6■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 ANKMY1-204ENST00000391987 3221 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.223e-6■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.093e-6■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 ANKMY1-206ENST00000401804 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.053e-6■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 ANKMY1-201ENST00000272972 3228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.253e-6■■■■■ 44.6
SF3A3Q12874 CCNG2-203ENST00000497512 2051 ntTSL 1 (best)27.95■■■□□ 2.079e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 FANCA-221ENST00000566889 2201 ntTSL 1 (best)27.13■■□□□ 1.939e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.749e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.739e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.639e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SFXN5-213ENST00000479293 1808 ntTSL 225■■□□□ 1.599e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 IZUMO4-206ENST00000497445 2144 ntTSL 224.52■■□□□ 1.529e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.59e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.459e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.389e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.389e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 IZUMO4-204ENST00000478879 1925 ntTSL 223.58■■□□□ 1.379e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.319e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SFXN5-210ENST00000472259 1690 ntTSL 323.21■■□□□ 1.319e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TMEM259-208ENST00000592052 1637 nt23.2■■□□□ 1.39e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 EHMT2-208ENST00000465429 1454 ntTSL 223.04■■□□□ 1.289e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.259e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.229e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.199e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.169e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.079e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.059e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.049e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 19e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.999e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.989e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.979e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 HYOU1-202ENST00000526656 862 ntTSL 321.12■□□□□ 0.979e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.949e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 QTRT1-207ENST00000589488 1571 ntTSL 520.89■□□□□ 0.949e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.929e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 BRF1-216ENST00000550208 1040 ntTSL 320.73■□□□□ 0.919e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PKN1-204ENST00000585839 3518 ntTSL 220.7■□□□□ 0.99e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PELP1-205ENST00000570823 484 ntTSL 420.54■□□□□ 0.889e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 HYOU1-203ENST00000527038 629 ntTSL 220.49■□□□□ 0.879e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.839e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.839e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 KMT5C-202ENST00000402499 888 ntTSL 220.18■□□□□ 0.829e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.819e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.819e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PLEKHH3-203ENST00000587627 1047 ntTSL 519.99■□□□□ 0.792e-12■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.799e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.789e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 POMT2-202ENST00000452340 5647 ntTSL 219.71■□□□□ 0.759e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.749e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ADAMTSL5-203ENST00000585700 1562 ntTSL 1 (best)19.62■□□□□ 0.739e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TBL3-203ENST00000564171 917 ntTSL 219.62■□□□□ 0.739e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SLC26A11-217ENST00000577155 762 ntTSL 519.43■□□□□ 0.79e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.79e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GATAD2A-213ENST00000609040 1652 ntTSL 219.34■□□□□ 0.699e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.689e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.649e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.649e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ADAMTSL5-208ENST00000590440 1602 ntTSL 1 (best)18.96■□□□□ 0.639e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 KMT5C-208ENST00000498738 713 ntTSL 518.82■□□□□ 0.69e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.579e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.559e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 KMT5C-205ENST00000464185 2235 ntTSL 1 (best)18.39■□□□□ 0.549e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.539e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SSRP1-202ENST00000293880 6296 ntTSL 218.32■□□□□ 0.529e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.529e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 HYOU1-211ENST00000532421 582 ntTSL 218.24■□□□□ 0.519e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.519e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 HYOU1-206ENST00000530467 552 ntTSL 418.09■□□□□ 0.499e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 COL7A1-210ENST00000487017 5807 ntTSL 518.08■□□□□ 0.493e-6■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 HYOU1-213ENST00000533381 694 ntTSL 318.03■□□□□ 0.489e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MIIP-203ENST00000466860 1709 ntTSL 518.03■□□□□ 0.489e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ACD-213ENST00000602945 805 ntTSL 518■□□□□ 0.479e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 KMT5C-210ENST00000589338 1601 ntTSL 1 (best)18■□□□□ 0.479e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.479e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PELP1-207ENST00000571347 708 ntTSL 217.94■□□□□ 0.469e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 HYOU1-201ENST00000526354 568 ntTSL 217.94■□□□□ 0.469e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.449e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.429e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SLC26A11-211ENST00000572652 1519 ntTSL 217.47■□□□□ 0.399e-7■■■■■ 44.5
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