Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG4P49917 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG4P49917 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG4P49917 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG4P49917 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG4P49917 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG4P49917 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG4P49917 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG4P49917 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG4P49917 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG4P49917 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG4P49917 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG4P49917 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG4P49917 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG4P49917 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG4P49917 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG4P49917 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG4P49917 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG4P49917 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG4P49917 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG4P49917 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG4P49917 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG4P49917 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG4P49917 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIG4P49917 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIG4P49917 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIG4P49917 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG4P49917 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG4P49917 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG4P49917 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG4P49917 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG4P49917 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG4P49917 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG4P49917 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG4P49917 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG4P49917 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG4P49917 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG4P49917 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG4P49917 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG4P49917 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG4P49917 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG4P49917 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG4P49917 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG4P49917 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG4P49917 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG4P49917 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG4P49917 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG4P49917 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG4P49917 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG4P49917 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG4P49917 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG4P49917 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG4P49917 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG4P49917 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIG4P49917 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIG4P49917 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG4P49917 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG4P49917 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG4P49917 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG4P49917 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIG4P49917 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIG4P49917 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
LIG4P49917 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIG4P49917 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIG4P49917 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIG4P49917 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
LIG4P49917 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIG4P49917 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIG4P49917 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIG4P49917 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG4P49917 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG4P49917 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG4P49917 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG4P49917 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG4P49917 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG4P49917 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG4P49917 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG4P49917 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms