Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD9P28356 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXD9P28356 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXD9P28356 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXD9P28356 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXD9P28356 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXD9P28356 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXD9P28356 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXD9P28356 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms