Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH3P20585 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH3P20585 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH3P20585 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSH3P20585 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH3P20585 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH3P20585 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH3P20585 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH3P20585 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH3P20585 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSH3P20585 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH3P20585 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH3P20585 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH3P20585 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH3P20585 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH3P20585 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH3P20585 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH3P20585 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH3P20585 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSH3P20585 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH3P20585 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH3P20585 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH3P20585 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH3P20585 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH3P20585 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSH3P20585 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSH3P20585 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSH3P20585 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH3P20585 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH3P20585 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH3P20585 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH3P20585 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSH3P20585 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSH3P20585 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH3P20585 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH3P20585 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH3P20585 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH3P20585 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH3P20585 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH3P20585 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH3P20585 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH3P20585 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH3P20585 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH3P20585 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH3P20585 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH3P20585 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH3P20585 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH3P20585 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH3P20585 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH3P20585 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH3P20585 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSH3P20585 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms