Protein–RNA interactions for Protein: Q9HD42

CHMP1A, Charged multivesicular body protein 1a, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 196 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP1AQ9HD42 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP1AQ9HD42 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP1AQ9HD42 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP1AQ9HD42 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP1AQ9HD42 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP1AQ9HD42 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP1AQ9HD42 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHMP1AQ9HD42 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP1AQ9HD42 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP1AQ9HD42 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHMP1AQ9HD42 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHMP1AQ9HD42 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP1AQ9HD42 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP1AQ9HD42 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP1AQ9HD42 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP1AQ9HD42 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP1AQ9HD42 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP1AQ9HD42 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP1AQ9HD42 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP1AQ9HD42 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP1AQ9HD42 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP1AQ9HD42 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP1AQ9HD42 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP1AQ9HD42 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP1AQ9HD42 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP1AQ9HD42 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP1AQ9HD42 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP1AQ9HD42 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP1AQ9HD42 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CHMP1AQ9HD42 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CHMP1AQ9HD42 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP1AQ9HD42 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP1AQ9HD42 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP1AQ9HD42 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP1AQ9HD42 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP1AQ9HD42 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CHMP1AQ9HD42 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP1AQ9HD42 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP1AQ9HD42 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP1AQ9HD42 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP1AQ9HD42 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP1AQ9HD42 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP1AQ9HD42 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP1AQ9HD42 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP1AQ9HD42 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP1AQ9HD42 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP1AQ9HD42 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CHMP1AQ9HD42 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CHMP1AQ9HD42 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CHMP1AQ9HD42 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CHMP1AQ9HD42 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CHMP1AQ9HD42 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CHMP1AQ9HD42 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CHMP1AQ9HD42 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP1AQ9HD42 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP1AQ9HD42 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP1AQ9HD42 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CHMP1AQ9HD42 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CHMP1AQ9HD42 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CHMP1AQ9HD42 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CHMP1AQ9HD42 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP1AQ9HD42 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP1AQ9HD42 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP1AQ9HD42 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP1AQ9HD42 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP1AQ9HD42 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP1AQ9HD42 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP1AQ9HD42 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP1AQ9HD42 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP1AQ9HD42 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP1AQ9HD42 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP1AQ9HD42 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms