Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
HPS3Q969F9 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
HPS3Q969F9 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
HPS3Q969F9 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
HPS3Q969F9 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
HPS3Q969F9 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
HPS3Q969F9 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
HPS3Q969F9 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
HPS3Q969F9 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
HPS3Q969F9 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
HPS3Q969F9 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
HPS3Q969F9 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
HPS3Q969F9 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
HPS3Q969F9 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
HPS3Q969F9 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
HPS3Q969F9 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
HPS3Q969F9 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
HPS3Q969F9 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
HPS3Q969F9 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
HPS3Q969F9 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC31.71■■■□□ 2.67
HPS3Q969F9 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
HPS3Q969F9 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
HPS3Q969F9 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
HPS3Q969F9 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
HPS3Q969F9 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
HPS3Q969F9 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
HPS3Q969F9 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
HPS3Q969F9 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
HPS3Q969F9 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
HPS3Q969F9 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
HPS3Q969F9 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
HPS3Q969F9 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
HPS3Q969F9 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
HPS3Q969F9 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
HPS3Q969F9 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
HPS3Q969F9 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
HPS3Q969F9 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
HPS3Q969F9 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
HPS3Q969F9 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
HPS3Q969F9 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
HPS3Q969F9 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
HPS3Q969F9 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
HPS3Q969F9 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
HPS3Q969F9 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
HPS3Q969F9 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
HPS3Q969F9 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.38■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
HPS3Q969F9 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC31.3■■■□□ 2.6
HPS3Q969F9 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
HPS3Q969F9 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
HPS3Q969F9 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
HPS3Q969F9 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
HPS3Q969F9 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC31.23■■■□□ 2.59
HPS3Q969F9 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC31.22■■■□□ 2.59
HPS3Q969F9 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
HPS3Q969F9 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
HPS3Q969F9 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
HPS3Q969F9 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.2■■■□□ 2.59
HPS3Q969F9 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC31.18■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
HPS3Q969F9 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
HPS3Q969F9 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HPS3Q969F9 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC31.06■■■□□ 2.56
HPS3Q969F9 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
HPS3Q969F9 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC31.02■■■□□ 2.56
HPS3Q969F9 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
HPS3Q969F9 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC30.99■■■□□ 2.55
HPS3Q969F9 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
HPS3Q969F9 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC30.95■■■□□ 2.55
HPS3Q969F9 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
HPS3Q969F9 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.95■■■□□ 2.55
HPS3Q969F9 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
HPS3Q969F9 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms