Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXD4P09016 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXD4P09016 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXD4P09016 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXD4P09016 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXD4P09016 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXD4P09016 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXD4P09016 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXD4P09016 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXD4P09016 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXD4P09016 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXD4P09016 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXD4P09016 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXD4P09016 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
HOXD4P09016 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
HOXD4P09016 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXD4P09016 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXD4P09016 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
HOXD4P09016 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXD4P09016 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
HOXD4P09016 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HOXD4P09016 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
HOXD4P09016 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
HOXD4P09016 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXD4P09016 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXD4P09016 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXD4P09016 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HOXD4P09016 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HOXD4P09016 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HOXD4P09016 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HOXD4P09016 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HOXD4P09016 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXD4P09016 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HOXD4P09016 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
HOXD4P09016 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HOXD4P09016 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
HOXD4P09016 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
HOXD4P09016 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HOXD4P09016 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXD4P09016 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXD4P09016 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXD4P09016 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXD4P09016 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXD4P09016 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXD4P09016 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXD4P09016 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXD4P09016 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXD4P09016 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXD4P09016 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXD4P09016 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXD4P09016 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXD4P09016 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXD4P09016 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXD4P09016 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXD4P09016 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXD4P09016 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXD4P09016 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXD4P09016 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXD4P09016 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXD4P09016 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXD4P09016 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXD4P09016 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXD4P09016 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXD4P09016 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXD4P09016 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXD4P09016 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD4P09016 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
HOXD4P09016 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
HOXD4P09016 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXD4P09016 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
HOXD4P09016 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HOXD4P09016 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.63
HOXD4P09016 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXD4P09016 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXD4P09016 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXD4P09016 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXD4P09016 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXD4P09016 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXD4P09016 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXD4P09016 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD4P09016 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms