Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.7 ms