Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 IMP3P2-201ENST00000489760 475 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 C17orf50-202ENST00000604830 477 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 B9D1-202ENST00000268841 755 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 BHMT-206ENST00000524080 1207 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-215ENST00000578550 599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC138627.1-207ENST00000641560 1006 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PENK-202ENST00000451791 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 RPSAP36-202ENST00000494591 1261 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CYB561A3-219ENST00000544118 1136 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AP006333.2-201ENST00000544948 732 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 FBXL12-212ENST00000592067 879 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms