Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms