Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
DKK3Q9UBP4 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
DKK3Q9UBP4 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms