Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

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Length 705 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 NFATC1-218ENST00000592223 2531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
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CLIP4Q8N3C7 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
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CLIP4Q8N3C7 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
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CLIP4Q8N3C7 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
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CLIP4Q8N3C7 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
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CLIP4Q8N3C7 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
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CLIP4Q8N3C7 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 LILRP2-201ENST00000413439 2127 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP4Q8N3C7 PPP1R26P4-201ENST00000619065 3527 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
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