Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 YIPF7-201ENST00000332990 937 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 VCPKMT-201ENST00000395859 795 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 RPS2P36-201ENST00000456516 831 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TPO-215ENST00000539820 1157 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC243964.2-201ENST00000590796 829 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC008743.1-201ENST00000596350 813 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SPCS2P2-201ENST00000603270 608 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL096828.3-201ENST00000615354 462 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SNRPN-202ENST00000390687 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 BEX5-201ENST00000333643 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SPAG11A-203ENST00000351436 534 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SPAG11B-204ENST00000361111 534 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LDHBP1-201ENST00000455730 1119 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FBXL8-208ENST00000521920 574 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 U62317.3-201ENST00000608319 855 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms