Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC13.8□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 NFIC-206ENST00000589123 8068 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC13.78□□□□□ -0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.5 ms