Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PPP1R12A-AS1-201ENST00000552885 3234 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX2P35548 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PKIA-202ENST00000396418 4163 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ACIN1-203ENST00000357481 2563 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 TRIM45-201ENST00000256649 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 BANP-203ENST00000393207 2438 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ABCB8-201ENST00000297504 2487 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 FAM186B-201ENST00000257894 2944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
MSX2P35548 RDX-218ENST00000544551 4117 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 KIAA1683-209ENST00000612316 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AC005840.4-201ENST00000541242 2494 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PLEKHO2-201ENST00000323544 3720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PPP1R26P4-201ENST00000619065 3527 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 VSIG10L-201ENST00000335624 3397 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX2P35548 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.2 ms