Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
TRIM28Q13263 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms