Protein–RNA interactions for Protein: O43679

LDB2, LIM domain-binding protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB2O43679 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LDB2O43679 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LDB2O43679 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LDB2O43679 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LDB2O43679 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LDB2O43679 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LDB2O43679 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LDB2O43679 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LDB2O43679 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LDB2O43679 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LDB2O43679 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LDB2O43679 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LDB2O43679 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LDB2O43679 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LDB2O43679 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.8 ms