Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
ATG4BQ9Y4P1 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68 ms