Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms