Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MEIKIN-203ENST00000442687 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
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