Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV2

TRIM54, Tripartite motif-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54Q9BYV2 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 HS6ST3-201ENST00000376705 7804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 HAND2-AS1-202ENST00000502896 5278 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
TRIM54Q9BYV2 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms