Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms