Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CHFRQ96EP1 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms