Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXA9P31269 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXA9P31269 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXA9P31269 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXA9P31269 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA9P31269 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms