Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 KAT6A-201ENST00000265713 9153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.16□□□□□ -1.13e-6■■■■■ 106.2
SF3B1O75533 KAT6A-202ENST00000396930 9285 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC7.46□□□□□ -1.213e-6■■■■■ 106.2
SF3B1O75533 MKL1-208ENST00000466278 577 ntTSL 325.03■■□□□ 1.63e-7■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 MKL1-207ENST00000463769 531 ntTSL 1 (best)17.98■□□□□ 0.473e-7■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.13e-11■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 EXOC4-212ENST00000479839 543 ntTSL 45.23□□□□□ -1.572e-6■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.134e-6■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 TBCD-201ENST00000355528 7168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.584e-6■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.43e-6■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.83e-6■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.73e-6■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 CHCHD6-203ENST00000504973 562 ntTSL 317.98■□□□□ 0.471e-6■■■■■ 106.1
SF3B1O75533 GFM2-201ENST00000296805 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.641e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 GFM2-202ENST00000345239 2856 ntTSL 1 (best) BASIC9.71□□□□□ -0.851e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 GFM2-207ENST00000509430 3047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.96□□□□□ -0.981e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 NCBP1-202ENST00000375147 5178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KIAA0100-202ENST00000528896 7407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.4□□□□□ -0.743e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KIAA0100-201ENST00000389003 6852 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.33□□□□□ -1.083e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KIAA0100-203ENST00000544884 6856 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.08□□□□□ -1.123e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.53e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.42e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-205ENST00000355657 2617 ntTSL 221.53■■□□□ 1.042e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.032e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.532e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-203ENST00000348850 2089 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.082e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-204ENST00000353068 684 ntTSL 1 (best) BASIC10.4□□□□□ -0.742e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-201ENST00000239117 555 ntTSL 1 (best)10.34□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-202ENST00000343195 663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.74□□□□□ -1.012e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-212ENST00000472764 847 ntTSL 58.46□□□□□ -1.062e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 KCNIP2-211ENST00000461105 858 ntTSL 1 (best) BASIC7.76□□□□□ -1.172e-6■■■■■ 106
SF3B1O75533 HIP1R-202ENST00000452196 2054 ntTSL 1 (best)19.28■□□□□ 0.684e-6■■■■■ 105.9
SF3B1O75533 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.34e-6■■■■■ 105.9
SF3B1O75533 HIP1R-204ENST00000535831 3078 ntTSL 215.94■□□□□ 0.144e-6■■■■■ 105.9
SF3B1O75533 TMED10-201ENST00000303575 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.85□□□□□ -1.318e-7■■■■■ 105.9
SF3B1O75533 EPB41-213ENST00000636666 3642 ntTSL 56.81□□□□□ -1.322e-6■■■■■ 105.9
SF3B1O75533 ATP6AP1-210ENST00000619046 2823 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.355e-8■■■■■ 105.9
SF3B1O75533 NDUFA10-211ENST00000476216 817 ntTSL 210.43□□□□□ -0.743e-6■■■■■ 105.9
SF3B1O75533 NDUFA10-208ENST00000444548 621 ntTSL 39.45□□□□□ -0.93e-6■■■■■ 105.9
SF3B1O75533 NDUFA10-209ENST00000448880 434 ntTSL 52.59□□□□□ -23e-6■■■■■ 105.9
SF3B1O75533 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.491e-7■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 SDF4-205ENST00000465727 2095 ntTSL 220.46■□□□□ 0.871e-7■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.761e-7■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 YIPF3-208ENST00000490447 1321 ntTSL 219.67■□□□□ 0.742e-6■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 YIPF3-214ENST00000510102 1639 ntTSL 517.32■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 YIPF3-213ENST00000506469 1444 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.125e-6■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.635e-6■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.145e-9■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 THAP7-206ENST00000476667 1671 ntTSL 521.15■□□□□ 0.985e-9■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 THAP7-208ENST00000498406 1957 ntTSL 220.93■□□□□ 0.945e-9■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 THAP7-203ENST00000466670 1080 ntTSL 520.74■□□□□ 0.915e-9■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 THAP7-204ENST00000471073 1809 ntTSL 219.75■□□□□ 0.755e-9■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.565e-9■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.175e-6■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 THAP7-207ENST00000488975 507 ntTSL 515.69■□□□□ 0.15e-9■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 FNDC3B-212ENST00000494000 2600 ntTSL 1 (best)6.96□□□□□ -1.35e-6■■■■■ 105.8
SF3B1O75533 GAS6-203ENST00000480426 2507 ntTSL 217.72■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 ANKRD11-202ENST00000330736 8342 ntTSL 513.95□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 ZFPM1-202ENST00000562417 497 ntTSL 319.08■□□□□ 0.653e-7■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 C9orf3-206ENST00000428313 2288 ntTSL 1 (best)16.83■□□□□ 0.286e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 GRB10-202ENST00000357271 2050 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.273e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 C9orf3-203ENST00000375315 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.51□□□□□ -0.416e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 GRB10-204ENST00000398812 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.69□□□□□ -0.863e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 TFR2-207ENST00000473374 891 ntTSL 523.65■■□□□ 1.382e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 TFR2-208ENST00000473571 628 ntTSL 319.37■□□□□ 0.692e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 AL589666.1-201ENST00000503906 835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 SND1-212ENST00000485871 597 ntTSL 312.01□□□□□ -0.492e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 SUPV3L1-201ENST00000359655 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 JMJD1C-211ENST00000633035 499 ntTSL 318.12■□□□□ 0.494e-6■■■■■ 105.7
SF3B1O75533 MNT-201ENST00000174618 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.147e-7■■■■■ 105.6
SF3B1O75533 REEP4-203ENST00000518664 996 ntTSL 220.94■□□□□ 0.946e-7■■■■■ 105.6
SF3B1O75533 REEP4-204ENST00000519074 1212 ntTSL 219.52■□□□□ 0.726e-7■■■■■ 105.6
SF3B1O75533 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.636e-7■■■■■ 105.6
SF3B1O75533 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.626e-7■■■■■ 105.6
SF3B1O75533 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.386e-7■■■■■ 105.6
SF3B1O75533 DHX30-204ENST00000441384 1957 ntTSL 213.44□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 105.6
SF3B1O75533 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.771e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.761e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.864e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 CCDC136-211ENST00000485998 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 519.39■□□□□ 0.691e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.231e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 CCDC136-201ENST00000297788 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.61□□□□□ -0.871e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 EXOC6-204ENST00000443748 3310 ntTSL 1 (best) BASIC9.42□□□□□ -0.93e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 EXOC6-201ENST00000260762 3564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.43□□□□□ -1.063e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 GSTCD-210ENST00000515255 1373 ntTSL 214.53□□□□□ -0.084e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 GSTCD-203ENST00000394730 4043 ntTSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.684e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 GSTCD-211ENST00000515279 4273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.56□□□□□ -0.884e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 ST6GAL1-207ENST00000438590 608 ntTSL 312.93□□□□□ -0.343e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 ST6GAL1-212ENST00000448408 1005 ntTSL 510.89□□□□□ -0.673e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.193e-6■■■■■ 105.5
SF3B1O75533 MKL1-202ENST00000396617 4505 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 105.4
SF3B1O75533 MKL1-203ENST00000402042 4343 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 105.4
SF3B1O75533 MKL1-201ENST00000355630 4496 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 105.4
SF3B1O75533 NAA11-203ENST00000513733 584 ntTSL 313.43□□□□□ -0.264e-6■■■■■ 105.4
SF3B1O75533 NAA11-202ENST00000511542 1035 ntTSL 38.41□□□□□ -1.064e-6■■■■■ 105.4
SF3B1O75533 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 105.4
SF3B1O75533 UBE4B-202ENST00000343090 5267 ntTSL 1 (best) BASIC8.05□□□□□ -1.122e-6■■■■■ 105.4
SF3B1O75533 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.11e-6■■■■■ 105.4
SF3B1O75533 DENND4C-209ENST00000602925 6831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.074e-6■■■■■ 105.4
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1391.7 ms