Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC27.76■■■□□ 2.04
LIMCH1Q9UPQ0 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
LIMCH1Q9UPQ0 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
LIMCH1Q9UPQ0 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.8 ms