Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIMD1Q9UGP4 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMD1Q9UGP4 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMD1Q9UGP4 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.58■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMD1Q9UGP4 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms