Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
NKX2-4Q9H2Z4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
NKX2-4Q9H2Z4 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
NKX2-4Q9H2Z4 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
NKX2-4Q9H2Z4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
NKX2-4Q9H2Z4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NKX2-4Q9H2Z4 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 180.5 ms