Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 109.2 ms