Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

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Length 358 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP41Q3LFD5 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP41Q3LFD5 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP41Q3LFD5 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
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