Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SCN1BQ07699 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms