Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMARCA1P28370 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SMARCA1P28370 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
SMARCA1P28370 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCA1P28370 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.5 ms