Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms