Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC100858.3-202ENST00000533496 553 ntTSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC079328.1-201ENST00000560358 952 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 DGUOK-AS1-202ENST00000439192 563 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC016629.1-201ENST00000596579 586 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 LINC01278-203ENST00000608788 820 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 LINC01278-207ENST00000610234 555 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL6A1P12109 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL6A1P12109 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.2 ms