Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms