Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms