Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS54Q9P1Q0 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.1 ms