Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 FERMT3-201ENST00000279227 2489 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 FERMT3-202ENST00000345728 2481 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CYLD-202ENST00000398568 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC023908.3-201ENST00000564211 3047 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 HCK-209ENST00000538448 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 KANK2-207ENST00000589894 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms