Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

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Length 385 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SMARCB1Q12824 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.4 ms