Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LIMD1Q9UGP4 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 SSR1P1-201ENST00000407630 814 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LIMD1Q9UGP4 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms