Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC12.71□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC12.7□□□□□ -0.38
HOXD3P31249 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms